Les puits de lumière sont souvent sujets à des problèmes de condensation et à des fuites d'eau autour du cadre, de la costière ou du tunnel. Pour les puits de lumière ouvrables, assurez-vous que la ferrure fonctionne et que tous les joints d'étanchéité sont en bon état. Empêchez la pluie de pénétrer à l'intérieur en réparant les joints extérieurs et les solins. Les costières et les tunnels intérieurs entourant le puits de lumière doivent être bien isolés et étanches à l'air afin de réduire la condensation. Diminuez la surchauffe en été par un vitrage à réflexion lumineuse et des stores.

N'ouvrez pas un puits de lumière (ni une fenêtre située à l'étage supérieur) par temps chaud si la température à l'intérieur de la maison est plus fraîche que celle ressentie à l'extérieur. En ouvrant le puits de lumière, vous faites entrer l'air chaud dans la maison, diminuant l'effet de la climatisation ou du refroidissement naturel.